Das TLUBN ist als obere Wasserbehörde zuständig für

• die Genehmigung des Baus, des Betriebs oder der wesentlichen Änderung von Abwasserbehandlungsanlagen, die der Pflicht zur Durchführung einer Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) unterliegen und für organisch belastetes Abwasser von mehr als 3000 kg/d BSB₅  (roh) oder für anorganisch belastetes Abwasser von mehr als 1500 m³ Abwasser in zwei Stunden ausgelegt sind, sowie

• die Erteilung von wasserrechtlichen Erlaubnissen zur Einleitung von Abwasser aus diesen Abwasserbehandlungsanlagen in ein Gewässer.

Neben den genannten eigenen Vollzugsaufgaben nimmt das TLUBN auch die Fachaufsicht über die unteren Wasserbehörden im Bereich Kommunalabwasser wahr.

Weiterhin obliegt dem TLUBN die Prüfung und Bestätigung der Abwasserbeseitigungskonzepte der öffentlichen Abwasserbeseitigungspflichtigen für die Erstattung des Tilgungsanteils Abwasser nach dem Thüringer Kommunalabgabengesetz.